Od 17 lipca Wrocław został miastem zamkniętym. Nikt nie mógł stąd się wydostać ani przyjechać do stolicy Dolnego Śląska

Oficer  SB Bonifacy Jedynak, wówczas podpułkownik (następnie generał), po powrocie do Wrocławia 22 maja z kontroli placówek w Indiach zachorował na nieznaną chorobę zakaźną. 2 czerwca  zgłosił się do szpitala MSW przy ul. Ołbińskiej, gdzie po konsultacjach z Zakładem Medycyny Tropikalnej w Gdańsku zdiagnozowano u niego malarię. Po krótkotrwałym pobycie w szpitalu wyzdrowiał i w połowie czerwca został wypisany do domu. W rzeczywistości oprócz malarii zainfekowany był również wirusem ospy prawdziwej, którym zdążył zarazić w czasie pobytu w separatce w szpitalu tylko jedną osobę – salową – która stała się wtórnym źródłem epidemii.

Pierwszą śmiertelną ofiarą epidemii we Wrocławiu była zmarła 8 lipca Lonia Kowalczyk, pielęgniarka, córka wspomnianej salowej.

Dopiero półtora miesiąca po pierwszych zachorowaniach, 15 lipca 1963 (dzień ten zwano później „czarnym poniedziałkiem”), w mieście ogłoszono stan pogotowia przeciwepidemicznego, a zaledwie dwa dni później stan epidemii. Miasto zostało na kilka tygodni sparaliżowane i odcięte od reszty kraju.

Spostrzeżenie, że w mieście rozprzestrzenia się epidemia Variola vera przypisuje się doktorowi Bogumiłowi Arendzikowskiemu z Miejskiej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej, analizującemu pod względem epidemiologicznym wszystkie dotychczasowe trudne do wyjaśnienia przypadki. Arendzikowski natychmiast skontaktował się ze swym szefem, kierownikiem Sanepidu, doktorem Jerzym Rodziewiczem, który o diagnozie bezzwłocznie zawiadomił władze w Warszawie. Tego samego dnia do Wrocławia dotarło pierwszych 10 tysięcy szczepionek.

Ponadto wdrożono działania profilaktyczne m.in. tworzenie izolatoriów, szkolenia dla lekarzy czy szczepienia dla mieszkańców.

Zorganizowano sieć punktów szczepień przeciw ospie, którymi objęto wszystkich mieszkańców miasta (ok. 500 tysięcy.) Zaszczepiono także znaczną liczbę mieszkańców kraju spoza Wrocławia. Ogółem szczepieniom poddano w Polsce 8,2 mln osób, z czego na Dolnym Śląsku dwa miliony.

Pierwsze izolatorium, na około 360 miejsc, urządzono 18 lipca w budynku Technikum Mechanizacji Rolnictwa w Praczach Odrzańskich. Ponadto uruchomiono szpital obserwacyjny w internacie Technikum Budowy Silników na Psim Polu

17 lipca w Szczodrem,  na północny wschód od miasta, urządzono szpital epidemiczny i ośrodek kwarantanny, którego dyrektorem została dr Alicja Surowiec. Zorganizowano także inne izolatoria. W sumie izolowano 1462 osoby podejrzane o kontakt z wirusem. Ponieważ obawiano się, że szpital w Szczodrem okaże się zbyt mały, przygotowano drugi obiekt w Prząśniku, w powiecie legnickim.

10 sierpnia nastąpił ostatni przypadek zachorowania na ospę mający miejsce poza izolatoriami i szpitalami. Pod koniec miesiąca udzielano od czterech do sześciu konsultacji dziennie. Rada Epidemiologiczna zdecydowała, że po upływie 32 dni od ostatniego zachorowania zgłosi wniosek do ministra zdrowia o uznanie Wrocławia za wolny od ospy.

Podczas całego okresu epidemii leczono z powodu ospy 99 pacjentów (w tym 25 pracowników służby zdrowia) w wieku od 8 miesięcy do 83 lat (86 hospitalizowano w Szczodrem), z czego 7 osób zmarło (w tym 4 to personel medyczny). 

19 września, po zakończeniu kwarantanny ostatnich osób narażonych na kontakt z wirusem, uznano, że epidemia wygasła i wszystkie blokady zniesiono.